Eläinplankton koostuu yksisoluisista toisenvaraisista eliöistä, rataseläimistä ja äyriäisistä. Eläinplanktonnäytteissä saattaa esiintyä myös muutamia suurikokoisia selkärangattomia eläinlajeja, joita ei kokonsa ja uintikykynsä vuoksi enää lasketa planktoniin kuuluviksi (mm. Mysis-halkoisjalkaiset ja Chaoborus-sulkasääsken toukat).

Eläinplankton on vesien ravintoverkossa tärkeä väliporras, jonka kautta kasviplanktonin ja bakteeriplanktonin tuotanto päätyy kalojen ravinnoksi. Eläinplanktonin määrä kasvaa ravinnon lisääntyessä, mutta vähenee saalistajien (kalojen ja selkärangattomien petojen) runsastumisen myötä. Eläinplanktonin määrä, koostumus ja kokojakaumat kertovat siten rehevyyden lisäksi myös planktonia syövien kalojen runsaudesta. Planktoneläimistö muuttuu myös erilaisten stressitekijöitten kuten happamoitumisen vaikutuksesta.

Eläinplanktonin vuodenaikaisvaihtelu on merkittävää. Valtalajit vaihtuvat vuoden mittaan. Yksittäisten lajien populaatiohuiput voivat olla hyvin korkeita ja kestää vain 1-2 viikkoa. Tästä syystä yhteen näytekertaan perustuva tieto tietyn alueen eläinplanktonista on hyvin epätarkkaa. Tarvittava näytteenottotiheys riippuu tutkimuksen tavoitteista.

Lounais-Suomen vesi- ja ympäristötutkimuksessa on pitkäaikainen kokemus sisävesien ja Itämeren eläinplanktonseurannoista.