Elinympäristönsä tilaa ilmaisevat pohjaeläimet ovat usein pitkäikäisiä ja osa suhteellisen paikallaan pysyviä, joten niitä tutkimalla saadaan tietoa vesialueen ekologisessa tilassa tapahtuvista muutoksista. Rehevöityminen näkyy yleensä pohjaeläinten biomassan ja tiheyden kasvuna, mutta toisaalta pohjaeläinyhteisön rakenne yksipuolistuu mm. happiolojen heiketessä. Rehevyystasoa voidaan arvioida ns. ilmentäjälajien (indeksilajien) avulla. Esimerkiksi syvänteissä tietyt surviaissääski- ja harvasukasmatolajit viihtyvät vain karuissa vesissä, kun taas toiset suosivat myös reheviä ympäristöjä.

Lounais-Suomen vesi- ja ympäristötutkimuksen pohjaeläintutkijat ovat läpäisseet menestyksellisesti merialueen pohjaeläinten tunnistus pätevyyskokeen lisäksi järvien syvänne-, virtavesi- ja rantavyöhykkeen pohjaeläinten tunnistus pätevyyskokeet. Tulokset on tarvittaessa mahdollista siirtää Suomen Ympäristökeskuksen ylläpitämään pohjaeläinrekisteriin (POHJE).

Laskemme pohjaeläimistön lajikoostumuksen perusteella vesiympäristön tilaa kuvaavat ympäristöhallinnon ohjeen mukaiset laatuindeksit. Tarvittaessa voimme raportoida Chironomus-suvun surviaissääskentoukkien suuosissa esiintyvät epämuodostumat, joilla on osoitettu olevan selvä yhteys pohjasedimentin myrkyllisyyteen ja saastuneisuuteen.